Git Credential Manager (GCM) 可透過多種機制進行組態設定不同的機制。按優先順序排列，這些機制是：
.git/config)$HOME/.gitconfig 或 %HOME%\.gitconfig)etc/gitconfig)此模型大致上與 Git 本身支援的內容相符，也就是環境變數的優先順序高於 Git 組態檔案。
新增企業系統管理員預設值的功能，讓那些管理員能使用熟悉的 MDM 工具來設定許多 GCM 設定，而不必修改 Git 的安裝組態檔案。
我們相信使用者應_永遠_保有自由來設定 Git 和 GCM，完全依照其個人意願。透過將環境變數和 Git 組態檔案的優先順序設定在系統管理員值之上，這些值僅作為_預設值_使用者隨時能以慣用方式覆寫。
預設設定值來自 Windows 登錄檔，具體而言是下列機碼：
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\GitCredentialManager\Configuration
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\WOW6432Node\GitCredentialManager\Configuration
GCM 在 Windows 上是一個 32 位元的可執行檔。在 64 位元
Windows 上執行時，對登錄檔的存取會被自動重新導向至WOW6432Node 節點。
透過使用 Windows 登錄檔，系統管理員可以利用群組原則輕鬆地為 GCM 的設定設定預設值。
在此機碼下的所有設定名稱與可能值，都與 Git 組態 設定中的相同。
每個登錄機碼的類型可以是 REG_SZ (字串) 或 REG_DWORD (整數)。
預設設定值來自 macOS 的偏好設定系統。組態描述檔可以透過相容的行動裝置管理 (MDM) 解決方案部署至裝置。
Git Credential Manager 的組態必須採用字典的形式，設定於網域 git-credential-manager 下的 configuration 機碼。例如：
defaults write git-credential-manager configuration -dict-add <key> <value>
..其中 <key> 是 Git 組態 參考文件中的設定名稱，而 <value> 是所需的值。
在 configuration 字典中的所有值都必須是字串。對於布林值，請使用 true 或 false；對於整數值，請使用字串形式的數字。
讀取目前的組態：
$ defaults read git-credential-manager configuration
{
<key1> = <value1>;
...
<keyN> = <valueN>;
}
預設組態設定存放區尚未實作。